Sau khi kết thúc những ngày thu mẫu vật thực địa, Allen dành cuộc đời còn lại để nghiên cứu và biên tập xuất bản. Vào đầu mùa hè năm 1876, Allen được Câu lạc bộ Điểu học Nuttall bầu chọn để thay thế Charles Johnson Maynard và Henry Augustus Purdie làm biên tập viên tờ Bulletin của họ. Năm 1883, Allen, cùng với William Brewster và Elliott Coues, đã sáng lập Hiệp hội Điểu học Hoa Kỳ. Allen, người đang bị bệnh nặng, không thể tham dự cuộc họp khai mạc nhưng vẫn được bầu làm chủ tịch đầu tiên. Ông cũng trở thành tổng biên tập tạp chí của hiệp hội, The Auk.[2]

Năm 1885, ông được bổ nhiệm làm curator về các loài chim và động vật có vú tại Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Hoa Kỳ ở New York, sau đó trở thành trưởng khoa đầu tiên của Khoa Điểu học của bảo tàng. Năm 1886, ông là một trong những thành viên đầu tiên của Hiệp hội Audubon (tiếng Anh: Audubon Society), New York. Ông cũng là thành viên của Hiệp hội Vì sự tiến bộ khoa học Hoa Kỳ (tiếng Anh: American Association for the Advancement of Science) và Hội Triết học Hoa Kỳ (tiếng Anh: American Philosophical Society).[4]

Hàng trăm bức thư mà Elliott Coues gửi cho ông trong nhiều thập kỷ tạo thành một trong những nền tảng của lịch sử dân tộc học Hoa Kỳ. Allen đã tưởng niệm Coues[5] sau cái chết của ông năm 1899 trong tờ The Auk. Ông đã cũng đề xuất quy tắc Allen, nêu rõ mối tương quan giữa kích thước cơ thể động vật hằng nhiệt và khí hậu vào năm 1877.[6][7]